A l'Open d'Australie, Rafael Nadal se qualifie pour les demi-finales en éliminant Viktor Troicki, Florent Serra, Gilles Simon, Paul-Henri Mathieu (abandon) et Jarkko Nieminen.
Ayant renoncé à la Coupe Davis sur les conseils de son entraîneur, le tournoi de Rotterdam est le premier tournoi de Nadal depuis l'Open d'Australie. L'Espagnol s'incline en 8ème de finale face à Andreas Seppi.
A l'Open de Dubaï, il s'incline en quarts de finale, éliminé par Andy Roddick.
Au Masters d'Indian Wells, Rafael Nadal s'incline en demi-finale face à Novak Đjoković.
Au Masters de Miami, Rafael atteint la finale qu'il perd contre Nikolaï Davydenko.
Rafael Nadal remporte pour la 4e fois consécutive le Masters de Monte-Carlo en battant Roger Federer en finale.
[C'est la première fois qu'un joueur remporte 4 fois de suite un Masters Series. Il remporte également la finale du double avec son compatriote Tommy Robredo, devenant ainsi le 2e joueur de l'histoire à remporter la finale du simple et du double au cours d'un même Masters Series].
La semaine suivante, Rafael Nadal remporte l'Open de Barcelone pour la 4ème année d'affilée face à David Ferrer. C'est la première fois qu'un joueur remporte 4 fois ce tournoi. Suite à cette victoire, il devient n°1 au classement ATP Race 2008 devant Novak Đjoković et Roger Federer.
Une semaine plus tard, Rafael Nadal participe au Masters de Rome qu'il tente d'être le 1er homme à remporter 4 fois consécutivement. Pour cause d'ampoules aux pieds, il s'incline dès le 2e tour face à Juan-Carlos Ferrero. Il rétrograde alors à la 2e place du classement ATP Race 2008.
Après une semaine de repos, Rafael Nadal fait son entrée au Masters d'Hambourg qu'il remporte pour la première fois face au n°1 mondial Roger Federer.
A Roland Garros, Rafael Nadal se hisse en finale après avoir éliminé Thomaz Bellucci, Nicolas Devilder, Jarkko Nieminen, Fernando Verdasco, Nicolás Almagro et Novak Đjoković. En finale, il bat le n°1 mondial Roger Federer (6-1, 6-3, 6-0) et remporte ainsi son 4ème Roland Garros consécutif, égalant le record de victoires consécutives de Bjorn Borg, présent pendant le sacre. A l'issue du tournoi, il redevient n°1 au classement ATP Race 2008.
La semaine suivante, il remporte pour la première fois le tournoi du Queen's considéré comme le tournoi de préparation pour Wimbledon. Il bat ainsi en demi-finale le tenant du titre et quadruple vainqueur Andy Roddick puis en finale Novak Đjoković.
[Nadal est le 1er homme depuis 1973 à réaliser le doublé Roland Garros - Queen's et le 1er Espagnol à remporter un tournoi sur gazon depuis 1972. Il rejoint aussi les joueurs ayant remporté au moins un tournoi sur chacune des surfaces du tennis : terre battue, dur, gazon, synthétique].
A Wimbledon, Rafael Nadal se qualifie pour la finale après avoir éliminé successivement Andreas Beck, Ernests Gulbis , Nicolas Kiefer, Mikhail Youzhny, Andy Murray et Rainer Schuettler. Il bat en finale le quintuple tenant du titre Roger Federer au terme d'un des matches les plus spectaculaires de l'histoire du tennis.
[Ce fut la finale la plus longue de Wimbledon (4H47) et elle fut interrompue à 2 reprises par les intempéries avant de se terminer alors que la nuit tombait. Nadal devient le 1er joueur depuis Bjorn Borg à réaliser le doublé Roland Garros - Wimbledon et l'unique joueur de l'histoire à réaliser le triplé Roland Garros - Queen's - Wimbledon. A l'issue du tournoi, Nadal n'est plus qu'à 545 points de Federer au classement ATP].
La semaine suivante, il déclare forfait pour le tournoi de Stuttgart, dont il est tenant du titre, afin de se reposer.
Il remporte ensuite le Masters du Canada pour la 2e fois de sa carrière en battant Nicolas Kiefer en finale.
Au Masters de Cincinnati, il s'incline en demi-finale face au n°3 mondial Novak Đjoković (6-1, 7-5), ce qui met fin à sa série de 32 victoires consécutives toutes surfaces confondues depuis le Masters d'Hambourg.
Il remporte la médaille d'or des Jeux olympiques en battant en finale Fernando González. [Nadal est le 1er joueur de l'histoire à réaliser le triplé Roland Garros - Wimbledon - Jeux olympiques la même année].
Lundi 18 août 2008, Nadal devient officiellement le 24ème n°1 mondial, détrônant Roger Federer, resté 237 semaines au sommet.
[En atteignant les demi-finales de l'US Open, Rafael Nadal devient le premier joueur de l'histoire à avoir disputé, sur une carrière, les demi-finales de toutes les grandes compétitions (Grands Chelems, Masters Series, Masters, Jeux Olympiques, Coupe Davis)].
Les 19 et 21 septembre, Rafael Nadal apporte en demi-finale de Coupe Davis les premier et troisième points à l'Espagne en dominant les Américains Sam Querrey et Andy Roddick. L'Espagne bat ainsi les États-Unis et se qualifie pour la finale contre l'Argentine.
Au Masters de Madrid, il s'incline en demi-finale face à Gilles Simon en 3 sets et 3h22 de jeu. Le Français qualifiera cette rencontre comme le plus beau match de sa carrière.
Le 21 octobre 2008, il est désigné par Ask Men le 30ème homme le plus influent au monde .(Pas mal héhé)
Au Masters de Paris-Bercy, il abandonne contre Nikolay Davydenko en quart de finale en raison d'une tendinite. Cette blessure au genou l'obligera également à déclarer forfait pour la Masters Cup (remplacé par Gilles Simon) puis la finale de Coupe Davis (remplacé par Marcel Granollers).